Der junge Shinji kämpft weiter gegen die sogenannten Engel, mächtige Wesen, die einen Feldzug gegen die Menschheit führen. Ausgerechnet als sich Shinjis Vater Gendo, Leiter der UN-Geheimorganisation NERV, auf einer geheimen Mission zum Mond befindet, droht ein Angriff auf das Hauptquartier ...